デジタルカメラなどでは、使用するＳＤカードを「フォーマット（初期化）」する様に案内されていますが、しないとまずいのでしょうか？

安定した作動のため、使用するケンコーデジタル機器でのフォーマットをお勧めします。他の機器でフォーマットされた状態では、動作不良などの不具合が起こる可能性があります。