机の上に乗せた小さな被写体を、コンパクトカメラで真上から撮影するのに最適な三脚を教えてください。

エレベーターを上下反転して真上から撮影できる「スプリントMINIⅡGMN」がお勧めです。
机の付近でパイプ状の棒を用意できれば、ロアーⅡ（クランプヘッド32、22-32ｍｍパイプに対応）も使用できます。