マニュアルポジションにしたとき、AFは自動的に解除されますか？

解除されます。
カメラボディ側及びレンズ側のフォーカスモードスイッッチをＭＦポジションにすることなくマニュアルフォーカスで使用できます。
キャノンマウントはＭＦポジションに切り替えときレンズ内モーターのスイッチが自動的に切れます。
ソニーマウントはカメラボディ側のＡＦ/ＭＦスイッチを切り替えてください。