NEWスカイエクスプローラー赤道儀に、緯度・経度を入力したのですが、設定した方角と全然違う向きに動きます。

コントローラーに従い、日時・観測地データ（緯度・経度）を入力したのち極軸合わせを必ず行ってください。その後、アライメントをしてご使用ください。